موسسه توسعه دانش فردای ایرانیان، در راستای انجام رسالت خود با انجمن‌ها، مراکز و موسسات علمی در داخل و خارج از ایران همکاری دارد. از مهم‌ترین همکاران این موسسه می‌توان به سازمان‌ها و نهادهایی اشاره نمود که موسسه در برگزاری سخنرانی‌ها، سمینارها و کارگاه‌های تخصصی و تسهیل‌گری در زمینه‌های علمی و پژوهشی به صورت همکاری در زمینه دعوت از اساتید مدعو، تحصیل نخبگان در مقطع پسادکتری و یا تحقیق در قالب فرصت مطالعاتی با آنها در تعامل است. موارد زیر از جمله همکاران این موسسه به شمار می‌روند: